Pensum/l?ringskrav

PENSUMBESKRIVELSE FOR PROTEINENES BIOKJEMI (MBV3030) V?REN 2004

L?rebok: Biochemistry (second edition, 1995) av D. Voet & J. G. Voet + Solution Manual (second edition) for Voet & Voet.

F?lgende sider i l?reboken er pensum:

• f.o.m. side 55 t.o.m. side 250, hvorav side 247 utg?r, og f?lgende sider kan betraktes som kursorisk pensum:

65-66 (dvs del 2C i kapittel 4), 182-185 241 (dvs. del 4A i kapittel 9) Resten er statarisk pensum.

• f.o.m. side 264 t.o.m. side 274, hvorav f?lgende sider kan betraktes som kursorisk pensum:

264-265 (dvs del 2E i kapittel 10) Resten er statarisk pensum.

• f.o.m. side 285 t.o.m. side 344, hvorav del 3D i kapittel 11 (dvs side 303) utg?r,og f?lgende sider kan betraktes som kursorisk pensum:

285-290 (dvs hele del 2 i kapittel 11) 297-301 (dvs del 3B og 3C i kapittel 11) 324-325 (dvs del 5D i kapittel 11) Resten er statarisk pensum.

• f.o.m. side 371 t.o.m. side 381 og f.o.m. side 389 t.o.m. side 400 (dvs del 1 og 3 i kapittel 14).

• f.o.m. side 586 t.o.m. side 590 (dvs del 3C i kapittel 20).

• f.o.m. side 608 t.o.m. side 617 (dvs del 3B i kapittel 21).

• f.o.m. side 1007 t.o.m. side 1014 (dvs hele del 5 og 6 i kapittel 30).

• f.o.m. side 1196 t.o.m. side 1249

For syntese og nedbrytning av aminosyrer anbefales Nelson & Cox, ¡±Lehninger Principles in Biochemistry¡±, tredje utgave, som l?rebok fremfor Voet & Voet. F?lgende sider i Nelson & Cox er pensum:

• f.o.m. side 639 t.o.m. side 653, hvorav sider 647, 648, og box 18-2 kan betraktes som kursorisk pensum. Resten er statarisk pensum
• f.o.m. nederst side 826 t.o.m. side 831

Voet & Voet kan eventuelt benyttes for de av dere som ikke har Nelson & Cox, men syntese og nedbrytning av aminosyrer dekkes noe mere omfattende (mere omfattende enn det som er pensum) i Voet & Voet enn i Nelson og Cox: For de av dere som bruker Voet & Voet refereres til f?lgende sider: f.o.m. side 735 t.o.m. side 746; og f.o.m. side 764 t.o.m. side 769 (dvs hele del 3 og del 5A i kapittel 24).

For biosignaling vil ogs? Nelson & Cox, ¡±Lehninger Principles in Biochemistry¡±, tredje utgave, bli benyttet som l?rebok (tilsvarende tema st?r ikke i Voet & Voet). Det er kapittel 13 i Nelson & Cox som er pensum og: F?lgende sider er statarisk pensum: f.o.m. side 437 t.o.m. side 446 (box 13-1, side 439 er kursorisk). f.o.m. midt p? side 449 t.o.m. midt p? side 454. f.o.m. ?verst side 468 t.o.m. side 472. F?lgende er kursorisk pensum: side 439 og f.o.m. side 447 t.o.m. midt p? side 449. f.o.m. midt p? side 454 t.o.m. ?verst p? side 468. f.o.m. side 473 og ut kapittelet.

Merk dere: Eksamenssp?rsm?lene vil bli utformet p? grunnlag av det som er statarisk pensum i l?reboken (som utgj?r ca. 350 "lesesider"). Men du b?r (les: skal) likevel lese gjennom sidene som inng?r i kursorisk pensum (som utgj?r ca. 40 "lesesider"). Kursorisk pensum vil ofte inneholde bakgrunnsstoff eller v?re en introduksjon til et emne som inng?r i statarisk pensum. I disse tilfellene vil en gjennomlesning av kursorisk pensum gj?re det lettere ? tilegne seg det statariske pensumet. Enkelte steder er kursorisk pensum en utdypning av statarisk pensum, og her vil en gjennomlesning av kursorisk pensum kunne gi deg en bedre forst?else av statarisk pensum.

OPPGAVER:

Etter hvert kapittel er det et sett med oppgaver - alle svarene st?r i Solution Manual (for Voet & Voet, Biochemistry), s? skaff deg den. F?lgende oppgaver er mest relevante for pensum og kan gi deg viktig tilleggsinformasjon, s? du b?r (les: skal) se p? disse oppgavene.

• For kapittel 4 i Voet & Voet: oppgaver 1-8, side 70
• For kapittel 5 i Voet & Voet: oppgaver 3-15, sider 103-104
• For kapittel 6 i Voet & Voet: oppgaver 1-16, sider 138-140
• For kapittel 7 i Voet & Voet: oppgaver 5-12, 14-20, 22, sider 189-190
• For kapittel 8 i Voet & Voet: oppgaver 3-5, 8-11, side 214
• For kapittel 9 i Voet & Voet: oppgaver 1-13, side 250
• For kapittel 11 i Voet & Voet: oppgaver 8, 14-18, side 329
• For kapittel 12 i Voet & Voet: oppgaver 3, 6, 7, side 344
• For kapittel 14 i Voet & Voet: oppgaver 3, 4, 6, 8, 10, 14-20, sider 408-410
• For kapittel 16 i Voet & Voet: oppgaver 7, sider 482
• For kapittel 20 i Voet & Voet: oppgaver 8, sider 598
• For kapittel 30 i Voet & Voet: oppgaver 20-21, sider 1019
• For kapittel 34 i Voet & Voet: oppgaver 4-10, sider 1310

Syntese og nedbrytning av aminosyrer og biosignaling:

• For kapittel 18 i Nelson & Cox: oppgaver 8, 11, 12, sider 657-658
• For kapittel 22 i Nelson & Cox: oppgaver 5, side 868
• For kapittel 13 i Nelson & Cox: oppgaver 1-4, 6, 8, 10, 11, sider 481-482

EKSAMEN I PROTEINENES BIOKJEMI (MBV3030) V?REN 2004

NB!: EKSAMEN onsdag 17/3; kl. 10:15-12:00 Eksamen (teller ca. 1/3) dekker f?lgende temaer som foreleses fra 14/1 til ca. 11/3: ¡¤ Aminosyrenes struktur, egenskaper (bl.a. syre-base egenskaper), og metabolisme ¡¤ Metoder for rensing og karakterisering av proteiner ¡¤ Proteinenes prim?rstruktur og bestemmelse av prim?rstruktur ¡¤ Proteinenes 3-D struktur og protein folding

NB!: EKSAMEN onsdag 9/6 Eksamen (teller ca. 2/3) dekker pensum for hele kurset, men med mest fokus p? pensum som foreleses fra ca.17/3 og utover (d.v.s. fra og med temaomr?de ¡±Proteinmodifisering, glykoproteiner og "lipid-linked proteiner" (se nedenfor))

FORELESNINGSPLAN FOR PROTEINENES BIOKJEMI (MBV3030) V?REN 2004

Temaene dekkes i en noe annen rekkef?lge p? forelesningene enn i l?reboken. Dagene temaene foreleses st?r i parentes, men det kan etter hvert bli noe avvik fra dette.

Aminosyrer (fra 14/1)

Aminosyrene: Struktur og egenskaper (Voet & Voet s. 55-70 + utleveringsark (14/1, 21/1, 22/1)

NB!: FORELESNINGEN 15/1 ER AVLYST

Aminosyre-metabolisme: Nedbrytning og syntese av aminosyrer (Nelson & Cox s. 639-653, 826-831, eventuelt Voet & Voet) (28/1, 29/1, 4/2, 5/2)

Proteiner generelt: Metoder, struktur og funksjon (fra ca. 11/2)

Metoder for rensing og karakterisering av proteiner (Voet & Voet 71-104) (11/2, 12/2, 18/2)

Proteinenes prim?rstruktur (Voet & Voet s. 105-123, 132-140) (19/2, 25/2)

Proteinenes 3-D struktur (Voet & Voet, 141-190) (26/2, 3/3, 4/3)

"Protein folding" (Voet & Voet, 191-214) (10/3, 11/3)

NB!: EKSAMEN onsdag 17/3, 10:15-12:00 (se eksamensbeskrivelse ovenfor)

Proteinmodifisering, glykoproteiner og "lipid-linked proteiner" (Voet & Voet, s. 266-274, 315-316 og 1007-1010) (18/3)

Struktur-funksjonsforhold: Illustrert med eksempler (24/3-15/4) Fiberproteiner (Voet & Voet s. 153-162) Alfa-keratin, "silk fibroin", kollagen, elastin (24/3, 25/3) Globul?re proteiner, allosteriske proteiner (Voet & Voet s. 215-250) Myoglobin, hemoglobin (31/3, 1/4, 14/4, 15/4)

"Proteinevolusjon": Illustrert med hemoglobin og cytokrom C (Voet & Voet s. 123-132, 208-211) (21/4)

Glykoproteiner (Voet & Voet s. 266-274) (22/4) Proteoglykaner og peptidoglykaner

Membranproteiner (Voet & Voet s. 290-305) (28/4)

Lipoproteiner (Voet & Voet s. 316-325) (29/4)

Protein-sortering/tranport (protein targeting), syntese av glykoproteiner og protein-degradering (Voet & Voet s. 305-314, 608-617, 1010-1014. Se eventuelt Nelson & Cox s. 1056-1066) (5/5, 6/5)

Struktur-Funksjonsforhold: Proteiner og "biokjemisk fysiologi"

Transport av O2 og CO2: Hemoglobin (se ovenfor)

Koagulasjon: Fibrinogen ------> Fibrin (Voet & Voet s. 1196-1207) (12/5)

Immunitet: Antistoffer, T-cellereseptorer, MHC-proteiner (vevsforliklighets-antigener), komplement (Voet & Voet s. 1207-1234) (13/5, 19/5)

Muskel: Aktin og myosin (Voet & Voet s. 1234-1249) (26/5)

Biosignaler: ¡±signaloverf?ring i celler¡± (27/5)

Enzymer (2/6, 3/6)

Enzymer og enzymatisk katalyse generelt ("forklaringsmodeller" for hvordan enzymer virker) (Voet & Voet s. 332-343, 371-381) (2/6)

Enzymatisk katalyse illustrert med eksempler: Proteaser (Voet & Voet s. 389-400) (2/6) ATP Synthase (Voet & Voet s. 586-590) (3/6)

Siste forelesning blir ca. 3/6 (eventuelt 2/6 eller 27/5)

NB!: EKSAMEN onsdag 9/6 (se eksamensbeskrivelse ovenfor)