Systemet kan aktiveres via to reaksjonsveier:

1. Klassisk aktiveringsvei (rask, effektiv), avhengig av IgG, IgM
2. Alternativ aktiveringsvei (langsom, ineffektiv) avhengig av blant annet IgA -aggregater, forskjellige polysakkarider (fx LPS)

Mangler i komplementsystemet er assosiert
med visse typer av sykdom:

Komponent	Assosiert sykdom
Klassiske komponenter	Autoimmun sykdom (SLE-lignende)
C3 og "alternative pathway"	Infeksjoner
C1 inhibitor	Hereditært angioødem (HAE)
Terminale komponenter	Neisseria infeksjoner

SLE= Systemisk Lupus Erythematodes

Aktivering av CAS (Contact Activation System)